Az 1530-as évek második felére mindkét fél párthívei előtt világossá vált, hogy sem Ferdinánd, sem János király nem képes egyesíteni az országot, így viaskodásuk végső során a török malmára hajtja a vizet. Ezért hosszas tárgyalások után - melyeknek kulcsszereplői V. Károly megbízottja, Johann Wese lundi érsek, illetve Fráter György váradi püspök voltak - 1538. február 24-én, Nagyváradon megállapodásra léptek egymással. (Ezt a török előtt egyéves fegyverszünetben álcázták.) Ennek értelmében az ország János halála után teljes egészében Ferdinándra, annak magtalansága esetén V. Károlyra és leszármazottaira száll. (Csak az esetben maradhat a Szapolyai-família kezén, amennyiben egyik Habsburgnak sem lenne leszármazottja.) Amennyiben János megházasodnék, esetleges utódai megkapják az összes Szapolyai-birtokot, s visszaállítanák számukra az ún. szepesi hercegséget. (Gyermektelen özvegye csupán a birtokok felére tarthatott volna igényt.) A gondosan elhatárolt két országrészben fennmaradhattak a meglevő méltóságok, de nádorválasztás céljából közös országgyűlést kellett tartani, ezen János híveinek is fel kellett volna esküdniük Ferdinándra. A szerződés kezdetben megvalósulni látszott: amikor I. Szulejmán 1538 kora őszén Moldvára támadt, Ferdinánd - igaz, csekély - hadat küldött Erdély védelmére. A nehézségek hatására azonban a Habsburg-diplomácia a korábbi hibás taktikát folytatta: Isztambulban tárgyalásokkal akarta magának biztosítani Magyarországot, s ezért megismertette a Portát a valódi békeszerződéssel. Fráter György erre azzal válaszolt, hogy 1540-ben portai engedéllyel királlyá választatta János árváját, a későbbi János Zsigmondot. Ezzel elveszett az utolsó esély arra, hogy az ország a török ellen újra egyesülhessen.