I. Rákóczi Ferenc erdélyi fejedelem és Zrínyi Ilona fia Borsiban (ma Borsa, Szlovákia) jött világra. 1685-88-ban gyermekként Munkács ostromát a várban, anyja oldalán élte át, 12 éves korában a bécsi udvar elszakította családjától és Csehországban, a neuhausi jezsuitáknál nevelkedett. Gyámja, Kollonich Lipót érsek szerette volna, ha a herceg maga is szerzetessé lesz. Rákóczi azonban elérve a nagykorúságot, 1692-ben kivonta magát gyámkodása alól, Bécsben élt, majd 1693-ban egyéves itáliai útra indult. 1694-ben feleségül vette Sarolta Amáliát, a hessen-rheinfelsi uralkodó leányát. A fiatal pár Magyarországon telepedett le, ahol Rákóczi már 1694-ben Sáros vármegye örökös főispánja lett. Hazatérve meglepve tapasztalta a lakosság egészére nehezedő elnyomást, különösen a jobbágyok nyomorát. Családja hagyományai, a személyéhez fűzött országos várakozás azonban ekkor még nem tudták áttörni neveltetése korlátait, s amikor 1697-ben a hegyaljai felkelés parasztvezetői felkérték a vezérség elvállalására, ez elől kitért és Bécsbe ment. A felkelés leverését követő véres megtorlások is hozzájárultak ahhoz, hogy - főleg Bercsényi Miklós rábeszélésére - cselekvésre szánta el magát. A keleti megyék nemesei körében szervezkedni kezdett, s 1700-ban XIV. Lajos francia királyhoz fordult segítségért. A francia megbízott, Longueval árulása 1701. áprilisban a bécsújhelyi börtönbe juttatta, ahonnan felesége és az őrzésével megbízott Lehmann Gottfried kapitány segítségével 1701. november 7-én megszökött és Lengyelországba menekült. Ezután a magyar határhoz közeli Brezan várában talált menedéket. Kezdetben lengyel zsoldoshadakkal kívánta megindítani a magyarországi felkelést, ezért a francia és svéd támogatás megszerzésén munkálkodott, de eredmény nélkül. Brezan várában találtak rá 1703 elején a tiszaháti felkelők követei, akik megkérték: álljon az elkeseredett parasztság élére. Rákóczi mindazoknak a jobbágyoknak, akik mellette fegyvert fognak, szabadságot ígért, s kiáltványban harcba hívta az egész országot az idegen elnyomás ellen.
1703 júniusában maga is magyar földre lépett, s Esze Tamás fogadta, pár száz főnyi rosszul felfegyverzett jobbágy élén. Az áradásszerűen növekvő jobbágyhadak néhány hét alatt elfoglalták a Tiszántúlt, s őszre megindult a köznemesség tömeges csatlakozása is. 1704-re szinte az egész ország a kurucok birtokába került. 1704. július 8-án a gyulafehérvári országgyűlés Erdély fejedelmévé választotta, a beiktatásra azonban csak 1707 áprilisában kerülhetett sor a marosvásárhelyi országgyűlésen. 1705. szeptemberben a szécsényi országgyűlés a szövetkezett rendek vezérlő fejedelmévé választotta. Fölmerült királlyá választásának terve is, ezt azonban a szabadságharc táborán belül megerősödött főnemesség nem pártolta, s maga a fejedelem is elhárította. A szabadságharc kiterjedt diplomáciáját maga irányította. XIV. Lajos rendszeres évi pénztámogatásban részesítette, de szövetséget nem kötött vele, ahogy a svéd és a porosz udvarral meg a Portával való tárgyalásai sem vezettek eredményre. 1707-ben a varsói szerződésben egyedül I. Péter cárral sikerült titkos szövetséget kötnie, a svéd-orosz háború miatt azonban tényleges katonai támogatást tőle sem kaphatott. A cár a lengyel trónt is felajánlotta neki, ennek realizálására azonban - részben Rákóczi húzódozása miatt - nem került sor. A szabadságharc külpolitikai elszigeteltségét így nem tudta áttörni, ezért 1704-ben és 1706-ban béketárgyalásokat kezdett a bécsi udvarral, ezek azonban nem vezettek eredményre. 1707-ben az ónodi országgyűlés a békepárttal szemben kimondta a Habsburg-ház trónfosztását és a szabadságharc folytatása mellett döntött. 1708 augusztusában a vesztett trencséni csata után azonban a szabadságharc egyre nehezebb helyzetbe került. A túlerőben levő császári sereg elől a pestistől is tizedelt, a megfáradt kuruc csapatok lépésről lépésre visszaszorultak. Rákóczi 1711. február 22-én - az orosz segítség megnyerése céljából - elhagyta az országot. A távollétében és hozzájárulása nélkül Károlyi Sándor által április végén megkötött szatmári békét nem fogadta el.
Egy ideig Lengyelországban, majd 1713-tól XIV. Lajos udvarában, Franciaországban élt. 1715 nyarán visszavonult a kamalduli szerzetesek grosbois-i kolostorába. 1717-ben a Porta meghívására Törökországba ment azt remélve, hogy a török-osztrák háború lehetőséget ad a szabadságharc újbóli megindítására. Ez azonban meghiúsult, s ezután a török kormány Rodostót jelölte ki tartózkodási helyéül. Bujdosókból alakult kicsiny kíséretével itt élt 1735. április 8-án bekövetkezett haláláig. Hamvainak hazahozatalát 1904-ben engedélyezték, s 1906 elején megkezdődtek az előkészületek, majd az Országgyűlés 1906. október 24-én hozott törvényt a hazaszállításról. A hamvakat szállító különvonat 1906. október 28-án érkezett Budapestre. A szabadságharc vezetőjének és több bujdosónak a földi maradványait ezután Kassára szállították, ahol október 29-én a Dómban helyezték örök nyugalomra.