Haynau kiadta utasítását: mindazok, akik 1848. október 3. után forradalmi cselekményekben vettek részt, jelentkezzenek a kerületi parancsnokságoknál vagy a haditörvényszékeknél. Az ítéletek elsősorban az egész magyar társadalom megfélemlítését szolgálták. Minden magasabb rangú tiszt hadbíróság elé került. A honvédtisztek, képviselők többsége túlélte a megtorlást vizsgálati fogsággal. A honvédsereg állományának kb. 25-30 százalékát sorozták be a cs. kir. hadseregbe. Haynau működése során, 1849. augusztus végéig, összesen 38 főt végeztek ki. Szeptemberben 2, október 6-25. között 29 személy kivégzéséről tudunk. (Az európai felháborodás miatt a kormány kénytelen volt mérsékletre inteni Haynaut.) 1849-1851 között 4628 ügyet tárgyaltak, és kb. 100 főt végeztek ki, s legalább 1500 főt ítéltek hosszú börtönre s egyben vagyonelkobzásra. A halálos ítéletek többségét 1850 tavaszától várfogságra enyhítették. 1851-ben még a távollevőket is elítélték. Kossuth, Szemere és mások nevét az akasztófára szögezték.