Az iskola a ferences kolostorban kezdte meg működését. A III. Béla Gimnázium mai épülete 1815-ben készült el, majd 1892-ben és 1931-ben bővítették. 1851. augusztus 2-án a városi tanács úgy döntött, hogy az iskolát főgimnáziummá fejleszti. A `Bajai Katolikus Főgimnázium` városi fenntartású, katolikus jellegű intézményként működött.