Samuel White Baker kereskedőcsaládban született, Mauritiuson, majd Ceylonon élt, ahol farmot vezetett. Később utazásokat tett a Közel-Keleten. 1861-ben a magyar Sass Flórával, későbbi második feleségével (akit állítólag a bulgáriai Vidinben, a rabszolgapiacon vásárolt) Afrikába ment, s beutazta a Nílus mellékfolyóinak vidékét, az etióp és szudáni határ környékén. 1863-ban, Hanning Speke térképeit felhasználva, expedíciót indított a Nílus forrásainak felkutatására. 1864 márciusában megállapította, hogy a folyam a mai Uganda és Kongó határán lévő tóból, az Albert(ma: Mobutu)-tóból ered. A tavat, és az azt tápláló Viktória-Nílus zuhatagát, a Murchison-vízesést is Baker fedezte fel. Felesége, aki komoly segítőtársa volt, kétszer is megmentette az életét. Baker 1865-ben tért haza Angliába, ahol érdemeiért lovaggá ütötték. 1869-ben Iszmail pasa, Egyiptom alkirálya megbízta egy katonai expedíció vezetésével. A Nílus felső folyásánál Bakernek sikerült felszámolnia a rabszolgakereskedelmet, és annektálta Egyiptom számára e területeket, amelyeknek négy évre ő lett a főkormányzója. Főbb művei: A puska és a vadászkutya Ceylonon, A Nílus mellékfolyói Abesszíniában. 1893. december 30-án halt meg Sandford Orleigh-ben.