A portugál főváros egyike volt Európa legszebb és leggazdagabb városainak. Épületeiben a mór, a reneszánsz, a gótikus hatás pazar egyvelege ötvöződött. Lakóinak száma meghaladta a 275 ezret.
Ezt a sokszínűséget pusztította el halottak napján az a drámai földrengés, melyet hatalmas tűzvész és pusztító tengerrengés kísért. Ez a kataklizma a modern kori európai civilizáció emlékezetében mind a mai napig élő, mély nyomokat hagyott.
A földrengés november 1-jén reggel 9 óra 30 perckor lepte meg az éppen ébredező város lakóit. Lefolyása gyors és intenzív volt, bár nem tartott tovább 10 percnél. Ez idő alatt három nagyobb lökéshullám rázta meg Lisszabont.
A rengések pusztításából és kiterjedéséből a tudósok arra következtetnek, hogy erőssége elérhette a Richter-skála szerinti 8,6-os értéket. Feltételezett központja St.Vincent-től 200 kilométerre nyugat-délnyugatra, az Atlanti-óceánban lehetett. A legnagyobb pusztítást délnyugat Portugáliában okozta, de jelentős károk keletkeztek Marokkóban, Algériában és délnyugat Spanyolországban. A földmozgásokat érzékeltek még Franciaországban, Svájcban, Itália északi részén és a távoli Finnországban is.
A rengés hatására Lisszabonban több tucat épület omlott össze, de ez csak a pusztulás kezdetét jelentette.
A váratlan esemény nagy riadalmat okozott a főváros lakói között, akik pánikszerűen próbálták elhagyni otthonaikat, menteni életüket és legfontosabb értékeiket. Az összeomló házakban gazdátlanul hagyott, világításra használt gyertyák és a főzésre használt tüzek hamar lángba borították környezetüket.
Az utcákat és köztereket ellepő menekülők miatt nem nyílt lehetőség az oltás megszervezésére. A tűz gyorsan terjedt és rövid időn belül Lisszabon nagy része lángokban állt. A tűzvész öt napon keresztül dühöngött a városban. Azok az épületek, melyeket a földrengés nem pusztított el, a lángok martalékaivá váltak.
Közvetlenül a földrengést követően sok lisszaboni lakos próbált menedéket keresni a tengerparton és a Tejo folyó torkolatban horgonyzó hajókon. Ám kb. fél órával a rengést követően, egy hatalmas hullám árasztotta el a partvidéket. A cunami végigpusztította a tengerpartot és a folyótorkolatot. Az itteni épületeket egyszerűen összelapította, a lakónegyedeket elöntötte, a hajókat felborította és elsüllyesztette.
A tengerparti területeken a cunami nagyobb pusztítást okozott, mint maga a földrengés. A vízoszlop magassága Lisszabonnál 6 méterre tehető, de egyes partszakaszon - a becslések szerint - ezt többszörösen meghaladhatta. Hatását a környező országokban is érzékelték. A hullámhegy csökkenő intenzitással elérte Franciaország, Nagy-Britannia, Írország, Belgium és Hollandia partjait, míg Gibraltárnál a Földközi-tenger 2 métert emelkedett. A tsunami délutánra átkelt az Atlanti-óceánon, és egyméteres tengerszint-emelkedést okozott az Antillák szigetvilágában.
A hármas természeti csapást követően a pusztítás leírhatatlan volt. A kataklizma 60 000 halálos áldozatot követelt és letarolta a virágzó portugál fővárost. A kortársak kezdetben úgy gondolták, hogy a nagy földrengés isten büntetése volt a bűnös város számára. Később a tudományos szemléletmód kerekedett felül, és a figyelem az újjáépítésre összpontosult. Ennek az áldozatos munkának eredményeképpen jött létre a napjainkban is ismert modern Lisszabon városszerkezete.