Nem sokkal a pécsi egyetem 1367-es megalapítása után a Szentszék újabb universitas létrehozását hagyta jóvá. 1395. október 6-án adta ki Zsigmond király kérésére X. Bonifác pápa azt a bulláját, amelyben megerősítette az óbudai egyetem alapítólevelét. Magyar részről az egyetem megszületésénél ott bábáskodott Szántai Lukács óbudai prépost, akit valószínűleg éppen ezért küldott az uralkodó Rómába. Az első kancellárja is ő lett. Az egyetem történetéről nagyon keveset tudunk, a pápa elvileg teljes, mind a négy fakultásra kiterjedő jogokat adott, de a források sajnos hallgatnak arról, hogy ez megvalósult volna. Az egyetem csekély súlyát jól mutatja, hogy a korszakban nem csökkent látványosan a bécsi illetve a prágai egyetemre beiratkozott hallgatók látszáma. Az intézmény bezárását minden bizonnyal az okozta, hogy 1402-ben és 1403-ban jelentős mozgalmak alakultak ki Zsigmond király ellen. Nincs kizárva, hogy az egyetem egyes vezetői is részt vettek az uralkodó elleni összeesküvésben.1410. augusztus 1-jén XXIII. János ellenpápa újabb bullát adott ki az óbudai egyetem újjáalakulásával kapcsolatban, de ez az intézkedés sem váltotta be a hozzá fűzött reményeket.