A képviselőház már szeptember 16-án Országos Honvédelmi Bizottmányt hozott létre, amelynek feladta: ellenőrizze és segítse a kormány védelmi intézkedéseit. Batthyány lemondása után előbb ideiglenesen, majd október 8-tól, országgyűlési határozat alapján véglegesen is ez a testület gyakorolta a végrehajtó hatalmat. A “baloldal” képviselőiből álló kis kormány elnökévé Kossuthot választották. A szakminisztériumokat a korábbi államtitkárok, és az OHB tagjai vezették. E kormányzati rendszerben Kossuth egyszemélyi, korlátozottan ellenőrzött vezetést gyakorolt. Kossuth és az OHB intézett minden fontos ügyet, különösen a hadszervezői munkát. A törvényhatóságokba teljhatalmú kormánybiztosokat küldtek ki, akik főként az újoncozást és a hadfelszerelést szervezték. A hadsereg élére – a francia példától eltérően – nem állítottak biztosokat.