A közép-amerikai terület a Maja Birodalom része volt, a fejlett civilizáció nyomai napjainkig fennmaradtak. A Copán folyó mentén felfedezett építészeti és szobrászati kincsek (templomok, hieroglifalépcsők, sztélék) 1980 óta a világ kulturális örökségéhez tartoznak. A partvidéket Kolumbusz 1502-ben, negyedik útja során fedezte fel, s ezzel kezdetét vette a spanyol gyarmati uralom, majd 1525-ben Hondurast spanyol tartománynak ismerték el. A latin-amerikai függetlenségi háborúk nyomán, 1821. szeptember 15-én Honduras kikiáltotta függetlenségét, de végleges szabadságát csak 1838-ban nyerte el, amikor kilépett a közép-amerikai államszövetségből. A XIX. század közepétől a liberálisok és konzervatívok váltakozva voltak hatalmon, az állam első alkotmánya 1880-ban született meg. A XIX. század végére az észak-amerikai United Fruit Company jelentős területeket vásárolt fel, amelyen hatalmas banánültetvényeket hozott létre, ekkor aggatta egy amerikai újságíró Hondurasra a később nagy karriert befutó `banánköztársaság` kifejezést. 1987-ben Honduras is aláírta a térség békés rendezését és az együttműködés fejlesztését szolgáló dokumentumot, amelynek köszönhetően az 1990-es években viszonya a szomszédos államokkal többé-kevésbé rendeződött.