Tomas Masaryknak, az 1918-ban megalakult Csehszlovákia első elnökének fia volt. Középiskoláinak elvégzése után az Egyesült Államokba ment, ahol egy ideig egy kereskedelmi vállalatnál, majd a Crane Iron Works-nél dolgozott. 1918-tól az új állam külszolgálatába állt: először az amerikai diplomáciai misszióba került, majd 1925-ben országának angliai nagykövetévé nevezték ki. Ezt az állomáshelyét 1938-ban hagyta el a müncheni egyezmény elleni tiltakozásként. A háború alatt tagja volt a londoni csehszlovák emigráns kormánynak, annak előbb külügyminisztere, majd miniszterelnök-helyettese volt. A háború utáni első prágai kormányban egyetlen függetlenként ő lett a külügyminiszter. Az 1948. február 25-i kommunista hatalomátvétel után is helyén hagyták, de néhány héttel később, 1948. március 10-én kizuhant a külügyminisztérium ablakán és szörnyet halt. Egyesek szerint öngyilkosságot követett el, mások szerint viszont kilökték az ablakból, mert elítélte az egyoldalú szovjet orientációt. (Egy 2002-ben közzétett orvos-szakértői jelentés megerősítette azt a véleményt, hogy a politikus gyilkosság áldozata lett.) 2004. január 6-án a cseh rendőrség lezárta rejtélyes halálának vizsgálatát, s megállapította, hogy gyilkosság történt.