A német Humboldt-fivérek által tervezett berlini egyetem kezdettől fogva helyiséggondokkal küzdött. Az oktatási program már régen elkészült, amikor végre megkapták az Unter der Linden sugárúton fekvő barokk palotát, amelyben ma is székel az intézmény. A főépület 1748-66 között Henrik herceg, Nagy Frigyes öccse számára épült, terveit von Knobelsdorff rajzai nyomán Johannes Boumann holland építész készítette. 1810. október 6-án már beiratkozott az első hét diák, s összeállt a tanári kar is. Az egyetem szenátusa október 10-én tartotta első ülését, s 15-ére tervezték az előadások megkezdését. Ez azonban az épület-felújítás elmaradása miatt nem valósult meg, így az egyetem október utolsó napjaiban kezdte meg működését. A teremhiány miatt a megnyitó ünnepség el is maradt. Neve eleinte III. Frigyes Vilmos egyetem volt, 1949-ben kapta a nagy humanista, Wilhelm von Humboldt nevét, aki államférfiként, filozófusként és nyelvészként is tekintélyt szerzett, s kidolgozta az egyetem koncepcióját. A két testvér szobra 1883 óta áll az előtérben, Alexander von Humboldt, a természettudós emlékműve pedig az épület előtt látható, aki 1827-28-as előadássorozatával jelentősen hozzájárult a reáliák előtérbe kerüléséhez az oktatásban. Az egyetem első rektora Johann Gottlieb Fichte, a jeles filozófus volt, s a továbbiakban tanított ott Georg Wilhelm Hegel, Jacob és Wilhelm Grimm, Paul Erlich, Rudolf Virchow, Robert Koch, Max Planck, Max Born és Albert Einstein is. A berlini egyetem a német polgári átalakulás időszakában a feudális hagyományoktól mentes, új típusú felsőoktatás intézménye lett.