Xántus János Csokonyán (Somogy megye) született. A dunántúli ügyvédből lett 1848-as honvédtiszt 1850-ben Anglián át az Egyesült Államokba szökött. Amerikában kezdetben a hadsereg nyugaton portyázó alakulatai között szolgált, így juthatott el a Sziklás-hegységen túli területre. Részt vett a transzkontinentális vasút nyomvonalának kijelölésében, az Arkansas folyó forrásvidékének feltérképezésében. Indiana állam területén topográfiai felméréseket végezve állat- és növénytani anyagot gyűjtött, majd meteorológiai megfigyeléseket végzett a Csendes-óceánon. 1862-ben a washingtoni tengerészeti minisztérium titkára, majd mexikói konzul lett. 1864-ben visszatért Magyarországra, és tevékenyen részt vállalt a pesti Állatkert létrehozásában, amelynek megnyitásától igazgatója volt. 1868-ban a kormány megbízásából délkelet-ázsiai expedícióra indult. Gyűjteménye a Néprajzi Múzeum alapja lett. A néprajztudomány jelentős munkái között tartja számon a mormonok történetéről írott könyvét. 1859-ben a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagjává választották. 1894. december 13-án halt meg Budapesten.