Apafi Mihály erdélyi fejedelem Bécsben titkos szerződést kötött I. Lipót császárral. Az egyezség kimondta: a császár - igaz, jelentős áron - átveszi Erdély védelmét, ugyanakkor elismeri Apafi fejedelemségét és fia utódlását, továbbá Erdélyt is belefoglaltatja a szultánnal kötendő békébe. Mindennek megvalósulása Erdély szinte teljes függetlenségét eredményezte volna. A felszabadító háborúk és a bécsi udvar nagyhatalmi törekvései azonban egészen más utat jelöltek ki a kis fejedelemség számára. Az 1687. augusztus 12-én megvívott nagyharsányi csata után Lotharingiai Károly herceg teljhatalmat kapott a Haditanácstól Erdély ügyeinek intézésére. A császári csapatok októberben szabályszerűen megszállták a fejedelemséget. Apafi ekkor még megtalálta a biztatónak látszó kiutat. Az október 27-én kötött balázsfalvi szerződésben ugyanis a császári fővezér 12 vár téli szálláshelyül való átengedése és 700 ezer forint lefizetése fejében még szavatolta Erdély függetlenségét. A bécsi katonai vezetés érdekei azonban meghiúsították Apafi utolsó kísérletét is. 1688-ban Antonio Carraffa tábornok már fegyverrel kényszerítette ki a fogarasi nyilatkozatot (május 9-10) miszerint Erdély védurául és örökös királyául ismeri el I. Lipótot és utódait, továbbá újabb erősségeket ad át a császári csapatoknak, és felmondja a török védnökséget.
A Fejedelemség közjogi helyzetét Apafi halála után hosszú időre az 1690 őszén kibocsátott Diploma Leopoldinum határozta meg. A Diploma Magyarországtól elszakítva külön tartományként, ugyanakkor régi törvényei szerint képzelte el a Fejedelemség igazgatását. Biztosította Erdély belső kormányzati önállóságát és a katolikusok befoglalásával kibővített vallásszabadságot. Leszögezte, hogy az ország békeidőben évi 50 ezer, háborúban 400 ezer forint, adót fizet, a császár pedig nem korlátozza a kereskedelem szabadságát. Biztosította továbbá, hogy a kiskorú II. Apafi Mihály fejedelem (1690-1701) felnövekedéséig a gubernátort (kormányzót) és az ország többi főtisztviselőjét - beleértve az erdélyi hadsereg parancsnokát is - a három nemzet (magyar, székely, szász) tagjai közül a rendek választhatják, és a császár csak megerősíti. Meghatározott, nem nagy létszámú idegen őrség tartózkodik a Fejedelemségben német generális parancsnoksága alatt, aki azonban nem avatkozhat a közügyekbe.
Az 1690-es években hosszadalmas viták zajlottak le a bécsi udvar és a Gubernium között a Magyar Kancelláriától elkülönített Erdélyi Kancellária működése és II. Apafi Mihály fejedelemségének császári megerősítése ügyében, amelyek végül Bécs győzelmét hozták. (Apafi Mihályt 1696-ban Bécsbe internálták.) A Gubernium hamarosan elveszítette önállóságát és politikai jelentőségét, az Erdéllyel kapcsolatos döntéseket a Habsburg-kormányzat keretei között, s császár nevében az Erdélyi Kancellárián hozták meg.