Az ekkor fejedelemmé választott Báthory István korán elveszítette apját, az erdélyi vajdát. Erdélybe 1551-ben tért vissza. Noha a bécsi királyi udvarban nevelkedett, Izabella királyné hadvezéreként Szatmár védelmében felvette a harcot a császáriak ellen. Majd János Zsigmond bécsi követeként ügyes diplomáciával 1563-ban sikerült kétéves fegyverszünetet kötnie Ferdinánddal. Mivel János Zsigmond ezt megszegte, a követet I. Miksa elfogatta, s Prágában tartotta őrizet alatt. 1571-ben az elhunyt fejedelem jelöltje, Bekes Gáspár helyett az országgyűlés őt választotta fejedelemmé, amit a Porta is megerősített. Az új fejedelem Erdély gazdasági és katonai helyzetének javítása érdekében támogatta a kereskedelmet és a bányászatot, megerősítette a terület védvonalait, köztük Váradot. Udvara reneszánsz kultúrközponttá vált. A lengyel rendek 1575 decemberében I. Miksa császár és magyar király ellenében királyukká választották. Ekkor Kristóf bátyját helytartóként Erdélyben hagyva, Lengyelországba költözött, és feleségül vette a megözvegyült királynét, Jagelló Annát. Az erdélyi ügyek rendezésére Krakkóban Magyar Kancelláriát szervezett. Rendelkezéseit bátyja halála után egy tizenkét tagú tanács, majd Ghiczy János kormányzó hajtotta végre. Lengyel királyként sikeresen háborúzott Oroszország ellen. Távlati terve egy, Lengyelországot, Litvániát, Erdélyt és Magyarországot magába foglaló Habsburg- és törökellenes szövetség összekovácsolása volt. Terve az 1585. évi erdélyi és magyarországi nagy éhínség, valamint tisztázatlan halála miatt nem valósulhatott meg. Utódaként a fejedelmi székben bátyja fiát, a kiskorú Zsigmondot jelölte ki.