Prágának már több évtizede jelentős hagyománya van a tudományos képzésben: van studium particularéja (alapképzés), az egyetem megalapításával ez studium generalévá (magas fokú képzés) lép elő. Prága megkapja a szokásos négy fakultást, a filozófiai kar előfeltétele a teológiai, jogi és orvosi fakultáson való továbbtanulásnak. IV. Károly egész Európából tekintélyes tudósokat hív meg Prágába. Az egyetem élén kancellárként a prágai érsek áll. A rektort, a dékánokat és az egyetemi tanácsot a nációk (a nemzetek), a különböző országokból származó professzorok és diákok egyesülései választják. A prágai volt Közép-Európa első egyeteme, megelőzve a krakkói, a bécsi és a rövid ideig működő pécsi főiskola alapítását.