A hosszú háborúskodás 1605-re az összeomlás szélére sodorta a hadviselő feleket. Az oszmánok, akiket a századforduló óta anatóliai felkelések és perzsa támadások is szorongattak, már 1599-ben, 1601-ben és 1603-ban is jelezték hajlandóságukat a békére. Amikor aztán a Bocskai-felkelés a Habsburgok utolsó erőit is felemésztette, a bécsi udvar szintén feladta vonakodását, s a magyar rendek közvetítésével tárgyalóasztalhoz ült. A három fél megbízottai 1606. november 11-én a zsitvatoroki táborban írták alá a megállapodást, amely 20 évre szólt, és a békekötés időpontjában fennálló határokat szentesítette. A szerződő felek nemcsak a harcok beszüntetéséről, hanem a béke fenntartásának módozatairól is rendelkeztek: megtiltották új várak építését, előírták a foglyok visszaadását, a jövőbeni ellentétek elsimítását pedig az országos főkapitányokra, a horvát bánra és a budai pasára bízták. A béke hatályát a tatárokra is kiterjesztették. A korábbi szerződésekhez képest lényeges változás, hogy a szultán magával egyenrangú uralkodónak (császárnak) ismerte el a magyar királyt, és 200 000 arany egyszeri ajándék ellenében lemondott a Habsburgok évi adójáról. Az oszmán fél beleegyezett abba, hogy a hódoltsági peremvidéken élő nemesek adómentesek legyenek, és a török birtokosok ne járhassanak ki adót szedni ezekre a területekre. Ugyanakkor nem tudta keresztülvinni azt, hogy az egyezmény megtiltsa a magyarok hódoltsági adószedését. A zsitvatoroki béke ezen pontjai mutatják, hogy az oszmánok mind elvileg, mind gyakorlatilag feladni kényszerültek a Magyarország egészére, illetve a megszállt területek kizárólagos birtoklására vonatkozó igényeiket.