Az ország központi területének felszabadulása időszerűvé tette a közigazgatás újjászervezését. 1690. augusztus 12-én napvilágot látott királyi rendelet Magyar Udvari Kancellária néven bécsi székhellyel működő kormányszervet hozott létre, melynek élén világi kancellár és alkancellár állottak. Munkájukat 12 tanácsos és hivatali apparátus segítette; a döntéseket tanácsülésben hozták. A Kancellária legfontosabb feladata: a magyar rendi érdekek képviselete, a magyarországi ügyek közvetítése, a nemesi vármegyék és az udvar közötti kapcsolattartás volt. Az uralkodó politikai döntéseinek kialakításában viszont többnyire háttérbe szorult a Birodalom központi szerveivel szemben. A szélesebb értelemben vett belső igazgatási feladatok irányítására a három évtized múltán 1723-24-ben megalapított Helytartótanácsot rendelték. Ezzel teljessé vált az a központi igazgatási szervezet, amely - a II. József idején történt átmeneti átszervezésektől eltekintve - 1848-ig fennállott.