A II. világháború alatt fontos szerepe volt az atomenergia-termelés, valamint a radar kifejlesztésében. 1943-ban együttműködött Robert Oppenheimerrel, s összetoborozták a los alamosi csoportot, amely kifejlesztette az első atombombákat. 1946-ban tagja volt annak a szenátusi bizottságnak, amely az Atomenergia Bizottságot létrehozó törvényt készítette elő. Az atomenergia civil ellenőrzéséért folytatott küzdelme miatt sok támadás érte a képviselőház Amerika-ellenes tevékenységet vizsgáló bizottsága részéről, melynek tagjai erősen ellenezték a katonai dolgok polgári felügyeletét. 1945 és 1951 között a Nemzeti Szabványügyi Hivatal igazgatója volt, elnöke lett az Amerikai Fizikai Társaságnak és az Amerikai Tudományfejlesztési Társaságnak. 1966-ban a légierő a repülő csészealjakat vizsgáló program igazgatásával bízta meg, s ebből született a Condon-jelentés: Az azonosítatlan repülő tárgyak tudományos vizsgálata (1969). - Ő a Franck-Condon-elv egyik névadója. Ennek lényege: egy molekulán belüli elektronok fény általi gerjesztésekor az atommagok helyzete nem változik, mivel egy-egy foton abszorbeálásának (elnyelésének) ideje túl kicsi az atommagok rezgési idejéhez képest. Az elv fordított irányban is érvényes: foton kibocsátása alatt az atommagok nyugvóknak tekinthetők. Kvantummechanikai módszereket alkalmazott az atomok és atommagok tulajdonságainak feltárására. Az alfa-bomlás jelenségét Gamow- val és Guerney-jel együtt magyarázták meg. Ha pozitív töltésű alfa- részecske közeledik egy atommaghoz, elektromos taszítóerők lépnek fel, hacsak nem elég nagy a mozgási energiája, amely áttöri ezt a taszítást. Ha kellő mértékben megközelíti az atommagot, a nukleáris vonzóerő a részecskét behúzzák a magba. Vélhető, hogy a részecske csak akkor tudja áttörni a potenciálgátat, ha mozgási energiája annál nagyobb. Ez azonban nem így van, sokszor kisebb energiájú részecskék is behatolnak a magba, s átalakítják azt. Ezt az alagúteffektusnak nevezett ellentmondást vizsgálva, Condonék megállapították, hogy mindez a részecskék hullámtermészetével függ össze.