Még apja, id. Apafi Mihály életében 1681-ben fejedelemmé választották, amit a török is megerősített, de mivel a fejedelmi esküt az országgyűlésnek nem tette le, s a testület nem iktatta be tisztébe, ezért szuverenitása mindenkor részleges és támadható maradt. Apja halála után, 1690-től nagykorúságáig a Teleki Mihály vezette kormányzótanács gyámsága alatt névleg uralkodott. Helyzete nagykorúvá válásával sem változott. A török Porta 1690-ben végül is nem őt, hanem Thököly Imrét nevezte ki fejedelemmé. Thökölynek Erdélyből való kiszorulása után I. Lipót nem erősítette meg Apafi fejedelemségét, Erdély kormányzatát császári főkormányszék vette át. Miután az udvar által tiltott házasságot kötött bethleni gróf Bethlen Katával, 1696-ban I. Lipót Bécsbe vitette, ahol hercegi rangot kapott, és kegydíjban részesült 1713. február 2-án bekövetkezett haláláig.