Gyulafehérváron született 1645. február 24-én II. Rákóczi György és Báthory Zsófia házasságából. Az erdélyi országgyűlés még apja életében fejedelemmé választotta, de 1660-ban apja halála után a trónt is elveszítette, s ekkor birtokaira vonult vissza. 1666. március 1-jén vette feleségül Zrínyi Ilonát. Bekapcsolódott a Wesselényi-féle összeesküvésbe és elvállalta a felkelés fővezérségét. 1670-ben fegyverbe hívta a felvidéki nemességet, de az összeesküvésben ugyancsak részt vevő Zrínyi Péter elfogatásának hírére letette a fegyvert és kegyelmet kért, amit 300 ezer forint váltságdíj lefizetése ellenében meg is kapott. A kegyelmet katolikus anyja és a jezsuiták eszközölték ki. Makovicán hunyt el, félárván hagyva Juliannát, és a csecsemő Ferencet.