Erdődön született 1442-ben. Apja még jobbágy volt, ő maga már Krakkóban és Paduában járt egyetemre. 1483-90 között Mátyás király titkára és bizalmas tanácsadója, közben 1486-91-ben győri püspök is volt. Mátyás halála után teljes erővel támogatta a Habsburgok trónigényét. Ulászló uralmának első éveiben nagy hatalommal bírt, szinte második király volt. 1491-ben egri püspök és főkancellár, 1498-tól esztergomi érsek, 1500-ban bíboros lett, majd 1507-ben megkapta a konstantinápolyi pátriárka méltóságát. 1512-ben Rómába ment, ahol óriási pompában élt. Bár II. Gyula pápa halála után a pápaválasztáson az első fordulót követően a második helyen állt, mégis Medici Jánost (X. Leó) választották meg. Az új pápa a törökök elleni keresztes hadjárat vezetésével bízta meg Bakóczot, aki így visszajött Magyarországra. 1514. április 16-án Budán kihirdette a pápai bullát, s a gyülekező parasztság és plebejusok vezetésére Dózsa Györgyöt nevezte ki. A keresztes háború helyett azonban parasztháború következett, amelynek leverése után az 1515. évi országgyűlés megbélyegezte. Ezután már csak reprezentatív feladatokat látott el, s Esztergomban visszavonultan élt. Pártolta a művészeteket: Egerben és Esztergomban Mária-kápolnát építtetett, s ez utóbbi - átvészelve az idők viharait - ma legszebb reneszánsz stílusú emlékünk. Bakócz korának, a magyarországi reneszánsznak egyik jelentős alakja volt, bár óriási vagyonát nem tiszta úton (zsarolással, erkölcstelen örökösödési szerződésekkel) szerezte. Már 1497-ben nyíltan korrupcióval és oklevélhamisítással vádolták, de megbuktatni nem tudták. Érseki székhelyén érte a halál.