Szarvason látta meg a napvilágot, jogi tanulmányai és katonai szolgálata után, 1910 őszén Békéscsabán lett ügyvédjelölt. 1911-ben a Zsilinszky-család és Áchim L. András parasztpárti politikus, szerkesztő között politikai és családi ellentétek miatt elmérgesedett a viszony. Áchimnak a békéscsabai felső társadalmi osztályokban nagy szerepet játszó id. dr. Zsilinszky Endre gimnáziumi tanár és nagybirtokos elleni egyik cikke miatt lakásán keresték fel annak fiai: ifj. Zsilinszky Endre ügyvédjelölt és tartalékos huszárhadnagy, valamint öccse, Zsilinszky Gábor vegyészmérnök. Súlyosan bántalmazták Áchimot és végül Endre lelőtte. Bár a bíróság felmentette őt - mára bizonyított tény, hogy az Áchim halálát okozó pisztolylövést Bajcsy-Zsilinszky Endre adta le. Endre 1918 végén egyik alapítója lett a Magyar Országos Véderő Egyletnek. 1923-ban - Gömbös Gyulával - megalapította a Fajvédő Pártot. 1928-ban megindította az Előörs című lapot, amelyben József Attila, Féja Géza, Szabó Dezső és Szabó Pál is publikált. Ettől kezdve fokozatosan a demokratikus ellenzéki politika felé fordult. 1930-31-ben megszervezte a Nemzeti Radikális Pártot, amely 1936-ban egyesült a Független Kisgazdapárttal. A Kisgazdapárt ellenzéki képviselőjeként szót emelt az országgyűlésben az egyre erősödő fasizálódás, a Hitler-barát háborús politika ellen. A II. világháború idején a magyar függetlenségért folytatott harc kiemelkedő alakja, később vértanúja lett. Amikor 1944. november 8-án a Magyar Front pártjainak és szervezetének képviselői megalakították a fegyveres ellenállás politikai irányítószervét, a Magyar Nemzeti Felkelés Felszabadító Bizottságát, ennek elnökévé választották. 1944. november 22-én - árulás miatt - a nyilasok letartóztatták és december 24-én Sopronkőhidán kivégezték. Exhumálása után Tarpán temették el.