Francisco de Jassu y Javier Navarra-ban született. 1525-től Párizsban teológiai tanulmányokat folytatott, 1533-ban csatlakozott Loyolai Szt. Ignáchoz, majd 1537-ben szentelték pappá. 1539-ben közreműködött a jezsuita rend szabályzatának újrafogalmazásában. 1541-ben a pápa parancsára Lisszabonból pápai legátusként Indiába ment, ahol két év alatt közel 20 ezer pogányt térített meg. 1545-től Malakkában, majd 1546-től a `Fűszer-szigetek` néven ismert Maluku-szigetcsoporton élénk missziós tevékenységet folytatott. 1549-ben Japánba ment, ahol megtanulta a nyelvet és két év alatt mintegy 1500 embert keresztelt meg. Ezután Kínába akart menni, de akkor még külföldiek nem léphettek be az országba. 1552. december 2-án Szan-Csao (ma Szent János) szigetén halt meg. 1619-ben boldoggá, 1622-ben szentté avatták.