A keresztény seregek 1593. évi sikerein felbuzdult a császári hadvezetés. Így a következő esztendőben Esztergom és Hatvan bevételét, valamint Buda és Pest visszahódítását vette tervbe. A Mátyás főherceg vezette császári csapatok május 4-én érkeztek Esztergom alá. Eközben Isza bégnek lehetősége nyílott a közelgő ostromra való felkészülésre: megerősítette a párkányi és Szent Tamás-hegyi palánkokat, a Rácvárost pedig védelemre rendezte be. Ezért a vár ostroma csak ezek bevétele után vált lehetségessé. A több mint 30 ezer főnyi ostromló sereg vezetése hibát hibára halmozott: nem zárta el a török hajók elől a Duna utánpótlási vonalát, így az őrség többször kaphatott segítséget Budáról. A rohamokat sem készítették elő megfelelően. A csaknem két hónapig tartó ostrom emiatt június 29-én eredménytelenül zárult. Ekkor - a közeledő felmentő sereg hírére - a szövetséges had visszavonult. Az oszmánok viszont nem hagyták kihasználatlanul a kedvező alkalmat; ellentámadásuk során a Német Birodalom megrettenésére Bécs elővédje, Győr is a kezükbe került.