A szovjet központi hatalom gyengülésével párhuzamosan egyre brutálisabban törnek felszínre a nemzetiségi ellentétek a Kaukázusban. Az első, fegyveres összecsapások az azerik és az örmények között robbantak ki hegyi Karabah kapcsán. E terület zömmel örmény lakói követelték autonóm területük Örményországhoz csatolását, ami heves ellenállást váltott ki az azeriekből és Azerbajdzsán vezetőiből is. Az összecsapások mindennaposakká lettek, polgárháborús helyzet alakult ki. Bakuban 1990. január 13-án nagy tömeg követelte a kormány lemondását és nemzetbiztonsági tanács felállítását. A `hazafias` érzelmek összekapcsolódtak a kormány és a szovjethatalom elleni indulatokkal. Előkerültek az iszlám zászlói is... A tüntetést hamarosan a város örmény lakossága elleni pogrommá változott. A felbujtók a nemzeti érzés mellett a vallási fanatizmusra és az Örményországból menekültek elkeseredésére is apelláltak. A szovjet TV adatai szerint 35-en vesztették életüket, többségükben örmények. Néhány óra alatt több ezer örmény házat, lakást raboltak ki, a menekültáradat mindkét irányban felgyorsult. Baku hajdan 220 ezres örmény lakosságából pár ezren maradtak az azerbajdzsán fővárosban. Országszerte fellángoltak a harcok, Karabahot és Örményországot teljes blokád alá helyezték. A szovjet vezetés erős belügyi alakulatokat vezényelt a helyszínre, rendkívüli állapotot hirdetett, kiadta a tűzparancsot. Feszült nyugalom lett úrrá a válságövezeten, de nem a megbékélés, hanem a végső leszámolásra való felkészülés jegyében. Úgy tűnik az örmények és az azerik csak a fegyverekben bíznak.