Szeptember 4-én az uralkodó Jelačićot visszahelyezte báni méltóságába, majd a magyar országgyűlés száztagú küldöttségét szeptember 9-én érdemi tárgyalás nélkül bocsátotta el. Az udvarral való megegyezés kudarca miatt szeptember 11-én lemondott a Batthyány-kormány. Újabb békülési kísérletre nem kerülhetett sor, mert másnap Jelačić csapatai átkeltek a Dráván, és a magyar főváros, Pest-Buda ellen indultak. Az országgyűlés Szemere belügyminiszterre és Kossuthra bízta a végrehajtó hatalom ideiglenes vitelét, a nádor azonban ezt nem volt hajlandó megerősíteni. Batthyány még próbálkozott a békés kiegyenlítéssel - de eredménytelenül. Közben azonban az udvar is ejtette őt, s Pest is új kormányzat mellett döntött. Október 1-jén végleg lemondott.