Az abszolutizmus idején az egységes birodalom megteremtésére irányuló törekvéseket Bécs kiterjesztette az egyházpolitikára is. Ezzel a magyar főpapság többsége szembeszállt. Az 1849. április 30-június 17. között Bécsben tartott `összmonarchiai` püspöki konferencián csak Haulik György zágrábi és Scitovszky János pécsi püspök jelentek meg. (Előbbi jutalmul később zágrábi érsek, utóbbi esztergomi érsek, hercegprímás lett.) Abszolutisztikus kormányzását Ferenc József az egyház és a pápaság támogatásának megnyerésével kívánta alátámasztani. Ezért a katolikus egyház számos kiváltságát elismerte vagy felújította, amiket az 1855. augusztus 18-án a római Szentszékkel aláírt konkordátum szentesített. A konkordátumban az uralkodó lemondott a placetum regiumról, a papság feletti főfelügyeletről. Egyházi tulajdonnak nyilvánította a Vallási- és tanulmányi alap birtokállományát (amelynek az egyház korábban csak haszonélvezője volt). Kizárólagos jogot adott az egyháznak a katolikus ifjúság nevelésében. A püspökök jogot nyertek arra, hogy ellenőrizzék: az ország tanintézeteiben ne oktathassanak az egyház felfogásával ellentétes nézeteket. A magyar katolikus egyház élére az 1850-es években az uralkodóhoz lojális főpapokat ültettek, a püspöki karban erőteljes konzervatív irányzat kerekedett felül, de ez a vezetés is - mint a magyar ókonzervatív politika általában - védelmezni igyekezett a hazai katolikus egyház különállását a birodalmon belül.