1958. június 16-án hajnali öt órakor, napkeltekor, Nagy Imrét, Maléter Pált és Gimes Miklóst kivezették zárkáikból, s ama tucatnál alig több lépés megtétele után ott álltak az előzőleg elhelyezett három akasztófa előtt, ahol az este ítéletet hirdető bíró, dr. Bimbó István ismét felolvasta az ítéletet. Jelen volt dr. Doktor János ügyész, dr. Balogh János fogalmazó, két orvos (dr. Kelemen Endre bírósági- és dr. Szabó Ernő börtönorvos), Tihanyi Miklós börtönparancsnok, az ítéletvégrehajtó és két segédje.

A felolvasás nem tartott tovább néhány percnél ("az ítéletet, bizonyára, elhadarta" ); tudjuk, hogy a bíró eztán felszólította az ítéletvégrehajtót, "teljesítse kötelességét". Bitóként egyenes, négyzetes keresztmetszetű faoszlopot használtak. Valamennyi oldala mellé faéket vertek, így állították függőlegesre, így szilárdították meg az aknában; felül pedig általvetették rajta a kötelet. A halálraítélt két csuklóját bal combjához kötötték, fejére csatolták az úgynevezett állazót, egy szíjszerkezetet, ami letapasztotta száját és állának mozgást nem engedett, úgyhogy kiáltozása nem verhette föl a börtönudvar csendjét. A bitó alatt zsámolyra állították az elítéltet, majd nyakába akasztották a hurkot. Ekkor a hóhérsegédek a bitó megett meghúzták a csigasoron áthaladó kötelet, miközben a főhóhér kirúgta áldozata lába alól a zsámolyt és kemény mozdulattal oldalt fordítva az elítélt állát, elszakította fejét gerincoszlopától és ezzel élete fonalát is.

A jegyzőkönyv szerint Nagy Imre kivégzésére elsőként került sor, 5 óra 9 perckor; hét perccel később, miközben előbb Maléter Pált, majd Gimes Miklóst is kivégezték, "az orvosok jelentik, hogy Nagy Imre elítélt szíve 5 óra 16 perckor megszünt dobogni." Félóra után az orvosok a halál beálltát ismételten megállapították. A korpuszt koporsóba tették és a börtön sétálóudvarán ásták el, jeltelenül, s a betemetett gödörre ócska bútorokat, limlomot hánytak. 1961. február 24-én titokban kiásták a koporsókat, köréjük kátránypapírt drótoztak és átvitték a szomszédos újköztemető 301-es parcellájában, ahol hamis nevek alatt (Nagy Imrét "Borbíró Piroska" fedőnéven) jeltelen sírba ismét elásták. 1989 tavaszán többhónapos nyomozás után a sírok helyét felderítették, a maradványokat exhumálták, majd még az évben, június 16-án egésznapos gyászszertartás után ünnepélyesen eltemették ugyanarra a helyre, ahol 1961 óta nyugodott.