Comenius Nivnicében született. A prerovi középiskolában az igazgató felismerte adottságait és papi pályára irányította. A heidelbergi egyetemen Francis Bacon munkáit olvasva arra a meggyőződésre jutott, hogy az ezeréves királyság a tudomány segítségével valósítható meg. Lelkész lett, de a harmincéves háború kitörése miatt más protestáns vezetőkkel együtt Lengyelországba menekült. Bujdosása közben írta meg A világ útvesztője és a szív paradicsoma című allegóriáját, amelyben kétségbeeséséről és a vigasz forrásairól szólt. 1628-ban Lesznóban telepedett le. Rövid javaslat című művében valamennyi fiatal iskoláztatása mellett állt ki, s mind a nemzeti, mind az európai kultúrát meg akarta ismertetni velük. 1632-ben írta csehül Nagy oktatástanát, amelyet 1638-ban latinul is kiadott, Didactica magna címmel. Ebben az oktatási módszerek forradalmasítását javasolta, hogy a tanulás örömteli, gyors és alapos legyen. 1637-ben keletkezett a Prodromus pansophiaet (A teljes tudás előfutára) című könyve. Az anyáknak is írt, s a gyermekkor első éveinek szerepét hangsúlyozza. Másik fontos elve, hogy az európai kultúrát latinul kell tanítani, hogy mindenki számára egyformán hozzáférhető legyen. A nyelvtanról a világ dolgaira helyezte át a hangsúlyt. Janua linguarium reserata (A nyelvek felnyitott ajtaja) című könyve latin és cseh nyelven közölt ismereteket egymás melletti hasábokon. A mű igen híres lett, számos nyelven kiadták. Ekkor már nem bízott Csehország felszabadításában, ezért a társadalmat az oktatás révén akarta átalakítani. 1641-ben Angliába, 1642-ben Svédországba ment. A harmincéves háborút lezáró vesztfáliai béke (1648) után a cseh száműzöttek minden reményüket elvesztették, hogy hazatérhessenek. Comenius visszatért a lengyelországi Lesznóba, ahol csakhamar morva püspökké választották. 1650-ben Lorántffy Zsuzsanna és fia, Rákóczi Zsigmond hívta meg Sárospatakra, ahol 1650-54 között tanított. Reformjai azonban csak az alsóbb osztályokban valósultak meg, mert II. Rákóczi György fejedelem megakadályozta elképzelései megvalósítását. Magyarországon írta negyedik fontos művét, az Orbis sensualium pictus (A látható világ) címűt, és a Schola ludus (Az iskola mint játékszín) című darabját, melyet a pataki diákok 1654-ben elő is adtak. Miután Rákóczi György elutasította társadalmi reformterveit is, visszatért Lesznóba. 1656-ban Amszterdamba menekült, ott élt 1670. november 15-én bekövetkezett haláláig.