Habsburg II. Miksa és Mária spanyol infánsnő fia volt. 1578-81-ben Németalföld helytartója volt, de sikertelesége miatt távoznia kellett. 1593-tól Alsó- és Felső-Ausztria helytertójaként működött. A tizenötéves háború idején többször seregvezér, bevette Esztergomot, de sikertelenül osztromolta Budát. Az 1604. márciusi országgyűlésen tevékenységével hozzájárult a Bocskai-felkelés kirobbanásához. A császár tiltakozása ellenére 1606-ban Bocskaival megkötötte a bécsi békét. 1608. november 16-án a pozsonyi országgyűlés királlyá választotta. 1608. november 19-én koronázták meg Pozsonyban, miután a Habsburg család lemondásra kényszerítette bátyját, Rudolfot. Trónra lépését a rendek követelésére az országgyűlés jogkörének és működési elvének szabályozása, a nádorválasztás és a vallásszabadság kihirdetése követte. 1612 júniusában német-római császárrá koronázták. Az erdélyi fejedelemség megszerzésére törekedett, de 1615-ben kénytelen volt elfogadni az erdélyi fejedelemválasztási jogot és Bethlen Gábor uralkodását. Tizenegy évig uralkodott. Bécsben hunyt el 1619. március 20-án.