A közép-amerikai területen a maja őslakosokat a VII. században a toltékok igázták le, a terület a XIV. században azték uralom alá került. 1524-1527-ben a spanyolok foglalták el, 1560-tól a Guatemalai Főkapitánysághoz tartozott. Miután Új-Spanyolország (Mexikó) 1821-ben függetlenné nyilvánította magát, 1821. szeptember 15-én Salvador is kivívta állami önállóságát, de már 1822-23-ban Agustín de Itúrbide mexikói császárságához csatolták. 1823 és 1838 között a Közép-amerikai Föderáció része volt, 1839 óta független köztársaság. Az ezután következő időszakot a liberálisok és konzervatívok hatalmi vetélkedése és a diktatúrák váltakozása jellemezte. A viszonylag hosszú ideig helyükön maradó tábornokok uralma semmilyen teret nem adott a változást követelő erőknek. 1969 július-augusztusában a Honduras és Salvador közti régi határviták annyira kiéleződtek, hogy a két ország között fegyveres konfliktus robbant ki, amelynek közvetlen előzménye egy Honduras-Salvador labdarúgó-mérkőzés volt. (Ez volt az ún. `futballháború`.) Salvador a világ vezető perubalzsam-termelője; ezt gyógyszer- különlegességekben, illatszerekben használják fel. Az ország az 1990-es években csak lassan tért magához a korábbi polgárháború és az elemi csapások pusztításai után.