Apja takács volt, és 21 éves koráig maga is ezt a mesterséget űzte. Ezután teológiai tanulmányokat folytatott. Münchenben 1852-ben szentelték pappá, és 1880-ban Bad Wörishofen plébánosa lett. Még iskolai tanulmányai idején tüdőbajt kapott. Ekkor került a kezébe Sigmund Hahn doktor könyve, s annak útmutatásai alapján kikúrálta magát. Fél éven át rendszeresen rövid hideg fürdőket vett a Dunában, majd különleges életmóddal legyőzte a betegséget. Pappá szentelése után egészségügyi tanácsadóként, természetgyógyászként is megismerték a nevét. Amikor kolerából kigyógyított egy cselédlányt, egyre többen keresték fel a `kolera káplánt`. 1881-től a wörishofeni dominikánus kolostorban dolgozott. Betegeit vízgyógyászati eljárásának különböző módszereivel, hideg vizes fürdőkkel, különféle lemosásokkal, kar- és lábfürdőkkel kezelte sikeresen. 1890-től a városka mint fürdőhely is fellendült (ma egyike Németország tíz vezető gyógyfürdőhelyének). A természetgyógyász pap számos hírességet is talpra állított, s különös gondot fordított a gyerekek kezelésére. Igazi gyógyító maradt rákbetegségben bekövetkezett haláláig. A kezelésért egyébként a szegényektől nem fogadott el pénzt. Halála (1897. június 17-én) előtt kérte, hogy Wörishofenben továbbra is az ő gyógymódját alkalmazzák. Ma világszerte 150 ezer aktivista van a Kneipp-szövetségekben, tucatnál is több szervezet, kutatóintézet és iskola ápolja a Kneipp-örökséget. Az én vízkúrám és Így kellene élnetek című könyvei nagy példányszámot értek el, és sok nyelvre lefordították azokat.