Báthori István erdélyi fejedelem Kolozsvárott egyetemi célra a jezsuitáknak adományozta az üresen álló ferences kolostort, a Farkas utcai gótikus templomot, valamint három falut. Az egyetem teológia és filozófia fakultással indult, s az alapítólevél megerősítésért a fejedelem XIII. Gergely pápához fordult. Az alapítást a külföldről behívott jezsuitákra bízta. A kaput nyitó egyetem tanítási rendszere az akkori idők kívánalmait teljesítette. Bölcsészeti karán, a kétéves bölcsészeti tanfolyam keretében arisztotelészi fizikát tanítottak. A második évfolyam hallgatói a kinematika, dinamika, kozmográfia, hőtan, fénytan és a cseppfolyós testek statikája köréből nyertek ismereteket. Az egyetem nem volt hosszú életű, 14 évet működött (1581 és 1588, valamint 1595 és 1603 között). A protestánsok által a katolikus restauráció eszközének tekintett jezsuita egyetem vallási türelmetlenség áldozata lett.