I. Rudolf mentális állapota uralkodása végén fokozatosan romlott. Az állandó bizalmatlansági rohamai, a dühkitörések már-már a kormányzást is veszélyeztették. Testvérének, Mátyás főhercegnek lépnie kellett. 1608. január 10-én a magyar rendek számára országgyűlést hirdetett, amelyet a császár nem engedélyezett, de ennek ellenére együtt maradt. A főherceg végül fegyveresen vonult Rudolf ellen, aki ennek hatására lemondott Magyarország, Horvátország valamint az örökös tartományok fölötti uralomról Mátyás főherceg javára. Csehországot, Tirolt és a császári címet viszont megtartotta.