A `tizenöt éves háború` során erősen megnövekedett számú és katonai súlyú, szervezettebb hajdúság sorsának rendezésére maga Bocskai István mutatott példát azzal, hogy megnemesítette és saját Szabolcs megyei birtokaira telepítette kereken tízezer harcosát. Példáját számos végvidéki tisztségviselő és magánbirtokos követte a 17. század folyamán; ők nemesség helyett csak bizonyos könnyítéseket adhattak a földhöz juttatott fél-katona, fél-paraszt népességnek. Ekkor keletkeztek a máig fennálló alföldi hajdúvárosok. A szabolcsi hajdúvárosok nehezen illeszkedtek be a határőr szerepébe. Abba, hogy parasztként az agrártermelésből kellett fenntartaniuk magukat és családjukat, ellenséges támadáskor viszont fegyverre kellett kapniuk. Nehezen feledték, hogy néhány hónapja még országgyűlési döntésekbe is beleszóltak, s ambícióiknak tág teret adtak az Erdély birtoklása körüli küzdelmek. Báthory Gábor az ő segítségükkel távolította el Erdély trónjáról Rákóczi Zsigmondot (1608). Ennek utána valóságos "hajdúvilág" alakult ki az új fejedelem környezetében, ahol a várúrrá lett Nagy András hajdúgenerális számított a második embernek. Segítettek a hajdúk I. Rákóczi György trónjának megszilárdításában is (1631). (Érthetetlen módon a fenti eseményeket "hajdúfelkelés"-nek szokták hívni.) Bár a budai pasa hozzájárulása is kellett megmaradásukhoz, a hajdúk továbbra is eltökélten törökellenesek maradtak. A 17. század második felében azonban katonaként már alig lehetett számítani rájuk. Közben ugyanis előrehaladt "elparasztosodásuk", ami a 18. századra olyan mértéket öltött, hogy településeik immár csak nevükkel ríttak ki a többi mezőváros közül.