Thököly kurucai 1685 végére minden erősségüket elvesztették, majd 1686-ban Erdélyből is kiűzték a fejedelmet Apafi csapatai. Végül a törökök fogták le, s hurcolták el. Thököly Imre hitvese, Zrínyi Ilona és várnépe azonban még 1687 elején is dacolt a császáriakkal, a szinte bevehetetlen Munkács várába zárkózva. Gróf Antonio Caraffa tábornagy, a felső-magyarországi csapatok főparancsnoka ekkor egy általa kiagyalt összeesküvésről `tájékoztatta` az uralkodót, hogy jogalapot teremtsen a Thökölyvel rokonszenvező felső-magyarországi nemesek és polgárok perbe fogásához, s egyúttal megfélemlítse a várbelieket meg a velük titkos kapcsolatot teremtő, levelező környékbelieket. I. Lipót császár engedélyével február 16-án megkezdte a letartóztatásokat, amelyek májusig elhúzódtak, miközben március 5-én és 22-én a saját elnökletével működő, németekből és magyarokból álló, tizenkét tagú törvényszék Eperjesen huszonegy halálos ítéletet hozott; ketten a tortúra során szenvedtek ki. Három szolgarendű kivételével Zólyom, Sáros és Abaúj megyei protestáns vallású nemesek, illetve vagyonos eperjesi és kassai polgárok voltak a tábornok áldozatai. Az ítéleteket Eperjes piacán hajtották végre. A további letartóztatásoknak és kivégzéseknek az októberben összehívott pozsonyi országgyűlés vetett véget. A király november 3-án elrendelte a rendkívüli bíróság feloszlatását. Zrínyi Ilona végül 1688 januárjában fogadta el a császár békefeltételeit, s átadta Munkácsot. A kivégzett Zrínyi Péter lánya, I. Rákóczi Ferenc, majd Thököly Imre felesége, a későbbi fejedelem, II. Rákóczi Ferenc anyja, a férje mellett jóban-rosszban hősiesen kitartó asszony szimbólumává vált.