A Rákóczi oldalán felkelt rendek 1704 elejétől fogva - nem következetesen ugyan, de gyakran - confoederált nemes vármegyéknek, confoederált magyar statusoknak, azaz szövetséges rendeknek nevezték magukat. Vagyis a jövendő államhatalom formáját nemesi föderációként képzelték el. A kormányzás módszerében azonban a központosítás szándéka is érvényesült. A rendeletek végrehajtását az Udvari Tanács és a hadsereg biztosította. Az Udvari Tanács (Consilium Aulicum) 1704. január végén, Miskolcon alakult meg. Ez volt az új államszervezet legfontosabb központi testülete. A minisztériumnak is nevezett, 13 tagból álló tanácsadóként működött a fejedelem mellett, és tagjai - mint fejedelmi biztosok - fegyveres kísérettel szerezhettek érvényt a központi rendeleteknek. Az 1705. szeptember 12-ére összehívott szécsényi országgyűlésen az erős központi hatalom hívei ragadták magukhoz a kezdeményezést, és új alapokra helyezték a konföderációt. A szövetség most már nemcsak a nemességet - a főrendeket és a vármegyéket - foglalta magában, hanem a szabad királyi-, a mező- és hajdúvárosokat, a jászkunokat és a vitézlő rendet is. Az új konföderáció vezérlő fejedelemmé választotta, és teljhatalommal ruházta fel II. Rákóczi Ferencet. Ugyanitt került sor a fejedelem mellett működő kormányzótestület megújítására is. Az Udvari Tanácsot huszonnégy tagú szenátus váltotta fel, amelynek tagjait a rendek jelöltjei közül Rákóczi nevezte ki: tizenkettőt a főrendek, tizenkettőt a köznemesek és a városi polgárok közül. (Az utóbbiak nagyrészt azonosak voltak a megszüntetett Udvari Tanács tagjaival.) A gazdasági irányítás központi hivatala a Gazdasági Tanács (Consilium Oeconomicum) lett.