Az 1945. március 29-én meghalt Serédi Jusztinián utóda 1944. március 4-e óta volt veszprémi püspök. Rövid püspöksége alatt is több dolog köthető a nevéhez. Részt vett annak a körlevélnek a kidolgozásában, amelyben a püspöki kar a zsidók elhurcolása ellen tiltakozott. Megtagadta, hogy a menekültekkel zsúfolt püspöki palotát a nyilasok foglalják el. Ezért november 27-én letartóztatták és a veszprémi vármegyei bíróság pincebörtönébe zárták. 1945. április 20-án kezdte újra működését egyházmegyéjében. Igyekezett a háború okozta károkat helyrehozni, de gondja volt arra is, hogy hívei körében a harcok hónapjai alatt meglazult hitéletet, erkölcsi rendet papjai segítségével a korábbi szintre visszaállítsa. Ezt szolgálták havonta (fogsága idején is) kiadott püspöki körlevelei, egyházmegyéjében tartott bérmaútjai. 34 új plébániát, 11 új falusi iskolát alapított. Esztergomi érsekként fő feladatának a magyarság hitének megerősítését tartotta. Ennek érdekében ún. újraevangelizálási programot hirdetett. A kommunista hatalom azonban nem nézte jó szemmel a főpap működését. 1948. december 26-án letartóztatták, és 1949 nyarán életfogytiglani fegyházra ítélték. 6 évig raboskodott, amikor megromlott egészségi állapotára való tekintettel háziőrizetbe helyezték. Az 1956-os forradalom idején szabadították ki. A szovjet intervenció miatt az amerikai nagykövetségre menekült, amelyet csak 1971. szeptember 28-án tudott elhagyni. Ezután a nyugati magyarság összefogásán munkálkodott. Személye és tisztsége körül éles polémia alakult ki a Vatikán és a Kádár-rezsim között. VI. Pál pápa a lemondásra is rá akarta venni, de erre Mindszenty nem volt hajlandó. Végül 1973. december 18-án az esztergomi érseki széket megüresedetettnek nyilvánították. 1975. május 6-án halt meg Bécsben. Holttestét 1991-ben hozták haza.