I. Apafi Mihály és Bornemissza Anna házasságából Gyulafehérvárott született 1676. október 13-án. Még apja életében 1681-ben fejedelemmé választották, amit a török is megerősített, de mivel a fejedelmi esküt az országgyűlésnek nem tette le, s a testület nem iktatta be tisztébe, ezért szuverenitása mindenkor részleges és támadható maradt. Apja halála után, 1690-től nagykorúságáig a Teleki Mihály vezette kormányzótanács gyámsága alatt névleg uralkodott. Helyzete nagykorúvá válásával sem változott. A török Porta 1690-ben végül is nem őt, hanem Thököly Imrét nevezte ki fejedelemmé. Thökölynek Erdélyből való kiszorulása után I. Lipót nem erősítette meg Apafi fejedelemségét, Erdély kormányzatát császári főkormányszék vette át. I. Lipót 1690-ben kiadta a Diploma Leopoldinumot, Erdély közjogi helyzetét szabályozó okiratot, amelynek értelmében Erdély a Habsburg Birodalom része lett és évi 50 000 forint adó fizetésére kötelezték. Azt is tartalmazta a Diploma, hogy II. Apafi nagykorúságáig a három nemzet tagjaiból kormányzót kell választani. Bécsben Erdélyi Udvari Kancelláriát állítottak fel. 1691-ben Bánffy Györgyöt nevezte ki a fogarasi országgyűlés kormányzónak, akit Bethlen Miklós kancellár, Apor István kincstárnok és Bethlen Gergely főgenerális segített a kancellária ügyeinek irányításában. Miután az udvar által tiltott házasságot kötött bethleni gróf Bethlen Katával, 1696-ban I. Lipót Bécsbe vitette, ahol hercegi rangot kapott, és kegydíjban részesült haláláig.