Felső-Tisza-vidéki birtokos, 1592-től váradi főkapitány és Bihar vármegye főispánja Kolozsvárott született. A törökellenes csoportosulás vezetőjeként nagy szerepet játszott abban, hogy Erdély 1595-ben a török ellen a Habsburgokkal kötött szövetséget, s bekapcsolódott a tizenötéves háborúba. Rudolf császár idején támogatta Magyarország és Erdély egyesítését, majd Báthori Zsigmond fejedelem visszatérését is. Később Báthori András fejedelem perbe fogta, ám őt Mihály havasalföldi vajda legyőzte. Az erdélyi főurak megbuktatták Mihályt, a lécfalvi országgyűlés elkobozta Bocskai birtokait, száműzte őt és visszahozta Báthori Zsigmondot. Bocskai addig Rudolf prágai udvarában élt, 1602-ben tért haza bihari birtokaira. 1604-ben felajánlotta a szultánnak, hogy visszaállítja a török függőséget, ha segít neki a trón megszerzésében. 1604-ben azonban visszakapta birtokait Rudolftól, ezért megszakította a tárgyalásokat. Bethlen Gábor, a törökországi emigránsok vezetője ekkor Habsburg-ellenességbe sodorta Bocskait, aki a lakosság elkeseredettségét kihasználva felkelést szervezett. 1604 októberében - a hajdúk és a hozzájuk csatlakozó jobbágyok élén - megindította az idegen uralom elleni szabadságharcot. Hamarosan csatlakozott hozzá az idegen zsoldosok garázdálkodása és az erőszakos ellenreformáció miatt lázongó városi polgárság, köznemesség, sőt a főnemesség jelentős része is. 1605-ben Erdély, majd Magyarország fejedelmévé választották. A mozgalmának eredményeként 1606-ban megkötött bécsi béke biztosította a magyar rendi jogokat és a vallásszabadságot. Az ugyanabban az évben megkötött, és Bocskai által közvetített zsitvatoroki béke a török elleni tizenötéves háborúnak is véget vetett. Szabadságharcának győzelme után a hajdúk zömét kiemelte a földesúri fennhatóság alól, és közösségi kiváltságokkal a hajdúvárosokba telepítette őket. Kassán hunyt el 1606. december 29-én.