A világhírű geográfusnak és térképésznek, a magyar kartográfia megteremtőjének, Kogutowicz Manónak a fia volt. Apja alapította 1890-ben azt az intézetet, amely később Kogutowicz és Társa néven önállósult, majd 1901-ben Magyar Földrajzi Intézet Rt.-vé alakult át. A sokrétű tevékenységet kifejtő intézet nemzetközileg ismert térképkiadóvá vált. A cégalapító Kogutowicz Manó fiát is kartográfusnak taníttatta, aki apja halála után, 1908-ban átvette a Magyar Földrajzi Intézet Rt vezetését. Igyekezett a magyar térképészetet európai színvonalra emelni. Egy időre azt is elérte, hogy Teleki Pál, az akkor már neves politikus és földrajztudós elvállalja a részvénytársaság elnöki tisztét. A magyar kartográfia fejlődését azonban derékba törte az első világháború és a Monarchia ezt követő felbomlása, mert 1920 után új alapokra kellett helyezni a térképészetet. Ebben élenjáró szerepet játszott Kogutowicz Károly. 1922-ben kivált a Földrajzi Intézetből és az Állami Térképészeti Intézetnél szerkesztette atlaszait. Ő készítette az első, minden tekintetben magyar iskolai atlaszt. Az intézet a polgári célokra készült térképek kiadásának központjává vált. Térképészeti tevékenysége mellett, Kogutowicz pedagógusi munkásságával is kitűnt. Kezdetben a budapesti Erzsébet Nőiskola tanára volt, majd 1923-tól a szegedi egyetemen az általános és összehasonlító földrajz nyilvános rendes tanára, 1941-42-ben pedig az egyetem rektora volt. Legismertebb alkotásai: 1919-es katonai térképei, Magyarország néprajzi térképe (1928), a Dunántúl és Kisalföld (1932), valamint iskolai és kisatlaszai. 1944 végén Németországba távozott, ott is halt meg 1948. szeptember 6-án.