Fjodor Ivanovics halála után Oroszország cárja Borisz Godunov lett. Godunov 1551 körül született. A hiányosan fennmaradt forrásokból nem lehet rekonstruálni a család történetét. Godunov IV. (Rettegett) Iván udvarában kezdte a pályafutását, végül a cári palota őrségének kapitánya lett. 1588-ban ő lett Fjodor Ivánovics gyámja, ő azonban örökös nélkül elhunyt, és vele együtt kihalt a Rurik-dinasztia is. Borisz Godunov uralkodása alatt számos problémával kellett szembenéznie. Ezek közül legsúlyosabb a lengyel-litván invázió volt. A csapatok kihasználva a parasztfelkeléseket egészen Moszkváig nyomultak előre. Komoly kihívást jelentett Ál-Dimitrij megjelenése is, akit az orosz nép egy része a törvényes cárnak tartott. (Ő egyébként IV. Iván egyik fiának adta ki magát.) Borisz Godunov 1605. április 13-án halt meg Moszkvában. Alakjáról Muszorgszkij írt operát, amelyet 1874-ben mutattak be.