A 16. századi erdélyi országgyűlések előszeretettel foglalkoztak az egyházak helyzetével. A rendek tudomásul vették: az addig egyeduralkodó katolikus egyház mellett megjelent a lutheranizmus (1557), és vannak követői a svájci hitvallásnak is (reformátusok 1564). Már az 1557. nyári tordai országgyűlés arra az álláspontra helyezkedett, hogy `mindenki olyan hitben éljen, amilyenben akar`, ha ezt a más vallásúak háborgatása nélkül teszi. Ezt a gondolatot az 1560-as évek diétái tovább vitték, mígnem az 1568. januári tordai országgyűlés eljutott mindennemű protestáns vallás - beleértve az antitrinitáriust is - védelméig. Kimondta, hogy a prédikátorok saját lelkiismeretük szerint tanítsák a népet, ez viszont olyan prédikátort fogadhat magának, amilyet óhajt. A vallási türelem nyilvánvalóan összefüggött azzal a körülménnyel, hogy maga a fejedelem és a magyar protestánsok szuperintendense egyaránt a legfrissebb újítás felé hajlott. Az igazsághoz azonban hozzátartozik, hogy az 1556. évi kolozsvári diéta elrendelte a katolikus papok kiűzését. Ezen végzést csak a katolikus Báthory István fejedelemsége alatt, 1581-ben volt hajlandó felülvizsgálni. (A görögkeleti románok tömegei eleve kívül rekedtek a vallásalkotmány sáncain.)