Johann Heinrich Pestalozzi olasz eredetű kereskedőcsalád tagjaként Zürichben született. Édesapját korán elvesztette, így édesanyja nevelte. Az elemi iskola és a színvonalas latin középiskola után Pestalozzi a híres zürichi Collegium Carolinum hallgatója lett. A filológiai-teológiai képzést nyújtó főiskola európai színvonalat képviselt. Különösen nagy hatást gyakorolt a fiatalember gondolkodására Johann Jakob Bodmer, a felvilágosodás szellemiségének képviselője. Pestalozzi hamarosan tagja lett a Bodmer alapította szűk körű irodalmi egyesületnek, a Helvét Társaságnak. Összejöveteleket, felolvasásokat, vitákat rendeztek, sőt `Emlékező` (Der Erinnerer) címen folyóiratot adtak ki. Végül megszakította tanulmányait, és a földművelést választotta. 1769 februárjában gazdálkodni kezdett a jórészt kölcsönpénzen vett birrfeldi birtokán. Ugyanazon év őszén feleségül vette Anna Schultess-t, egy gazdag kereskedőcsalád rendkívül művelt és szép leányát, aki szintén híve volt a felvilágosult tanoknak. Hamarosan megszületett egyetlen gyermekük Hans Jakob, akinek nevelésében a rousseau-i elvek követésére törekedtek.
Vállalkozása azonban csődbe ment, így gyapjúfonással kezdett foglalkozni. Ehhez azonban munkaerőre volt szüksége, ezért magához vette a környékbeli szegénysorsú gyerekeket, akiket inkább nevelni akart. Munkáiban a pedagógiával kapcsolatos eredményeit foglalta össze. Gondolatait szélesebb körben kívánta ismertté tenni, ezért egyszerű nyelven fogalmazott (Egy remete esti órája, Lénárd és Gertrúd, Vizsgálódásaim a természet menetéről az emberi nem fejlődésében). Elkülönítette az ember etikai fejlődésének fokozatait. 1798-ban árvaházat létesített Stans-ban, ahol minden energiájával a szervezésen munkálkodott. Később máshol (Burgdorf, Yverdon-les-Bains) is próbálkozott a gyermekek nevelésével, de itt kudarcok érték. 1827. február 27-én halt meg.